PCR实验中的Mg2+是指镁离子,一般在反应缓冲液中均含有镁离子,镁离子与聚合酶结合降低聚合反应的活化能,可以调节镁离子浓度获得最理想的反应条件。
一)试剂PCR仪
1.引物:决定扩增的特异性。根据检测的DNA不同,选用不同引物,每种病原微生物都有自己特异的引物。
2.耐热的DNA聚合酶:此酶是从耐热细菌中分离出来的,能耐受高温90℃-100℃。
3.10×PCR缓冲液:500mmol/l KCl;100mmol/L Tris-HCl(pH8.4,20℃)150mmol/L MgCl2,1mg/ml明胶。10×PCR缓冲液随酶一起购买。
4.5mmol/L dNTP贮备液:将dATP、dCTP、dGTP和dTTP钠盐各100mg合并,加入灭菌去离子水溶解,用NaOH调pH至中性,分装每份300μl,-20℃保存。dNTP浓度用UV吸收法测定。现用dNTP溶液均有商品化产品。
5.DNA模板:用处理液将待测标本处理,不同处理方法、操作各异,但目的是暴露标本中被检测的DNA。
退火温度较低,可以提高2到3度Mg离子浓度一般的PCR在1.5mM就可以了,不知楼主用的多少,模板浓度较高或者含有其他PCR抑制剂,建议稀释下模板,延伸时间一般1kb/min,时间太短可能会延伸不完全,循环数太高也可能引起拖带,考虑平台期,30-35循环应该足够了
PCR反应进行的基本条件:引物(PCR引物为DNA片段,细胞内DNA复制的引物为一段RNA链)、酶、dNTP、模板和缓冲液(其中需要Mg2+)。
扩展资料:
PCR是聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction)的英文缩写,是一种用于放大扩增特定的DNA片段的分子生物学技术,它可看作是生物体外的特殊DNA复制,PCR的最大特点,是能将微量的DNA大幅增加。
PCR技术的基本原理类似于DNA的天然复制过程,其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。PCR由变性--退火--延伸三个基本反应步骤构成:①模板DNA的变性:模板DNA经加热至93℃左右一定时间后,使模板DNA双链或经PCR扩增形成的双链DNA解离,使之成为单链,以便它与引物结合,为下轮反应作准备;②模板DNA与引物的退火(复性):模板DNA经加热变性成单链后,温度降至55℃左右,引物与模板DNA单链的互补序列配对结合;③引物的延伸:DNA模板--引物结合物在72℃、DNA聚合酶(如TaqDNA聚合酶)的作用下,以dNTP为反应原料,靶序列为模板,按碱基互补配对与半保留复制原理,合成一条新的与模板DNA链互补的半保留复制链,重复循环变性--退火--延伸三过程就可获得更多的“半保留复制链”,而且这种新链又可成为下次循环的模板。每完成一个循环需2~4分钟,2~3小时就能将待扩目的基因扩增放大几百万倍。
Mgcl2的作用主要是促进核酸骨架的形成,影响聚合酶的4活性。Mgcl2浓度过高会降低扩增特异性,浓度过低影响扩增产量。
模板DNA浓度主要看你的PCR扩增体系所使用的酶: 1、一般普通的酶,DNA模板量在50到100ng都可以扩增出来的 2、高效一点的酶,几ng也可以扩增出来的。
1、PCR反应步骤:类似于DNA的天然复制过程,其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。PCR由变性--退火--延伸三个基本反应步骤构成 2、PCR反应五要素:①引物(Primer)、②酶 (Taq DNA Polymerase) 、③dNTP(dATP, dGTP, dCTP, dTTP)、④模板(Template)、⑤Mg2+(Magnesium) 3、引物: 引物是PCR特异性反应的关键,PCR 产物的特异性取决于引物与模板DNA互补的程度。理论上,只要知道任何一段模板DNA序列, 就能按其设计互补的寡核苷酸链做引物,利用PCR就可将模板DNA在体外大量扩增。 4、酶及其浓度:目前有两种Taq DNA聚合酶供应,一种是从栖热水生杆菌中提纯的天然酶,另一种为大肠菌合成的基因工程酶。催化一典型的PCR反应约需酶量2.5U(指总反应体积为100ul时),浓度过高可引起非特异性扩增,浓度过低则合成产物量减少。5、模板核酸的量与纯化程度,是PCR成败与否的关键环节之一,传统的DNA纯化方法通常采用SDS和蛋白酶K来消化处理标本。SDS的主要功能是: 溶解细胞膜上的脂类与蛋白质,因而溶解膜蛋白而破坏细胞膜,并解离细胞中的核蛋白,SDS 还能与蛋白质结合而沉淀; 蛋白酶K能水解消化蛋白质,特别是与DNA结合的组蛋白,再用有机溶剂酚与氯仿抽提掉蛋白质和其它细胞组份,用乙醇或异丙醇沉淀核酸。提取的核酸即可作为模板用于PCR反应。一般临床检测标本,可采用快速简便的方法溶解细胞,裂解病原体,消化除去染色体的蛋白质使靶基因游离,直接用于PCR扩增。RNA模板提取一般采用异硫氰酸胍或蛋白酶K法,要防止RNase降解RNA。6、PCR扩增条件包括温度、时间和循环次数。10×buffer 2.5ul; MgSO4,1.5ul; Taq 1ul; 10uM上下游引物 各1ul 模板 1ul 补水至25 MgSO4是可以调整的,taq得根据你的单位浓度,引物也要看浓度一般终浓度至0.1-1uM,模板也需视你模板质量和浓度调整。
Mg离子的作用主要是 dNTP-Mg 与核酸骨架相互作用 并能影响Polymerase的活性,一般的情况下 Mg的浓度在0.5-5mM之间调整,同样要记住的是在调整了dNTPs的浓度后要相应的调整Mg离子的浓度
Mg2+离子浓度对PCR扩增效率影响很大,浓度过高可降低PCR扩增的特异性,浓度过低则影响PCR扩增产量甚至使PCR扩增失败而不出扩增条带。
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