乳腺癌临床样本的蛋白质组学揭示潜在生物标志物和治疗靶点

近年来，乳腺癌的基因组分类取得了进展，显着提高了乳腺癌的诊断水平，并进一步改善了患者的预后。但基于蛋白表达谱的新分类已经被提出，能更可靠地揭示支持乳腺癌异质性的功能表型差异，是目前临床试验和治疗决策的主要手段。

近年来，乳腺癌的基因组分类取得了进展，显着提高了乳腺癌的诊断水平，并进一步改善了患者的预后。但基于蛋白表达谱的新分类已经被提出，能更可靠地揭示支持乳腺癌异质性的功能表型差异，是目前临床试验和治疗决策的主要手段。
近日，发表在Nat Commun上的一篇名为"Proteomic analysis of archival breast cancer clinical specimens identifies biological subtypes with distinct survival outcomes" 利用蛋白质组学分析描述了临床适用的乳腺癌异质性，确定了潜在的生物标志物和治疗靶点，为临床乳腺癌分类提供了理论支撑。


在该研究中，研究人员使用了高灵敏度的基于MS分析的蛋白组学方法，称为Single-Pot，即固相强化的样品制备-临床组织蛋白组学(SP3-CTP)，能够捕捉福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)肿瘤样本的生物学特征。利用该方法可查询与结果数据相关的大量FFPE材料样本，从而能够采用高效的工作流程，从常规可用的患者标本中较低的输入量中全面定量蛋白质表达。
研究人员对300例FFPE乳腺癌手术标本(每种PAM50亚型75例)进行了全面的蛋白质组学分析，这些标本来自2008-2013年(n = 178)和1986-1992年(n = 122)诊断的具有相关临床结果的患者。研究对这两组数据分别进行了分析，量化了所有300个样本中的4214个蛋白质。将蛋白组学结果与详细的临床结果、IHC和PAM50 RNA为基础的内在亚型联系起来。结果显示，在侵袭性PAM50分类的基底样病例中，蛋白质组分析显示两组中的一组具有特征性免疫热表达特征和高度有利的生存率。Her2富集的病例根据细胞外基质、脂质代谢和免疫反应特征不同而分为异质性组。另外，研究人员分析了88个三阴性乳腺癌（TNBC）病例的蛋白质组异质性，结果显示在88例三阴性乳腺癌中，四个TNBC23亚型出现基底免疫热、基底免疫冷、间充质和腔内的特征，生存结果各不相同。

图 08-13年组乳腺癌不同蛋白质组群的关键特征
该研究为现有的化疗或新兴的免疫疗法提供潜在的生物标记物，具有重要临床意义。（）
参考文献：Asleh， K.， Negri， G.L.， Spencer Miko， S.E. et al. Proteomic analysis of archival breast cancer clinical specimens identifies biological subtypes with distinct survival outcomes. Nat Commun 13， 896 (2022). https：//doi.org/10.1038/s41467-022-28524-0